มหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา สำนักงานเลขาธิการสภาการศึกษาองค์กรรัฐและภาคเอกชนในท้องถิ่น ได้ร่วมหารือถึงความเป็นไปได้ในการสำรวจวิจัยความหลากหลายทางชีวภาพ ณ บริเวณหุบเขาลำพญา ซึ่งสอดคล้องกับมาตรการและแผนการอนุรักษ์ และใช้ประโยชน์ทางชีวภาพอย่างยั่งยืน พ.ศ. ๒๕๔๖-๒๕๕๐ และยุทธศาสตร์การพัฒนาสังคมแก้ไขปัญหาความยากจนและ
ยกระดับคุณภาพชีวิต และได้แนวคิดในการก่อตั้งศูนย์วิจัยความหลากหลายทางชีวภาพ เพื่อศึกษาวิจัยความหลากหลายของ
สิ่งมีชีวิตและการพัฒนาทรัพยากรเหล่านี้ไปใช้ให้เกิดประโยชน์สูงสุด จากแนวคิดดังกล่าวได้พัฒนามาเป็นศูนย์วิจัยความหลากหลายทางชีวภาพ หุบเขาลำพญา ต่อมาได้รับความเห็นชอบจากคณะกรรมการกลั่นกรอง โครงการเฉลิมพระเกียรติ
สมเด็จ พระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ สำนักงานปลัดสำนักนายกรัฐมนตรี เนื่องในโอกาสพระราชพิธีมหามงคล เฉลิมพระชนมพรรษา ๖ รอบ ๑๒ สิงหาคม ๒๕๔๗ ให้เป็นหนึ่งในโครงการเฉลิมพระเกียรติ ฯ และได้รับพระราชทานชื่อศูนย์ว่า “ศูนย์วิจัยความหลากหลายทางชีวภาพ เฉลิมพระเกียรติ ๗๒ พรรษาบรมราชินีนาถ”

ศูนย์วิจัยความหลากหลายทางชีวภาพ ฯ ตั้งอยู่ใกล้โรงเรียนลำพะยาประชานุเคราะห์  ตำบลลำพะยา อำเภอเมือง จังหวัดยะลาและบริเวณหุบเขาลำพญาในเขตเทือกเขาสันกาลาคีรีซึ่งมีสภาพเป็นป่าดงดิบชื้นหรือป่าฝนเขตร้อน ความสูง ๕๐-๗๐๐ เมตร จากระดับน้ำทะเลปานกลาง นอกจากศูนย์วิจัยความหลากหลายทางชีวภาพฯมีสำนักงาน ตั้งอยู่ที่อาคาร ๔ ชั้น ๒ มหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา